Barcelona SC tenía que verse las caras con uno de los favoritos de la etapa Liga de Loja en Guayaquil, lastimosamente el partido termina empatado 1×1. La siguiente fecha el cuadro torero visita a Independiente José Terán en Quito obteniendo un segundo empate consecutivo. El club «torero» también tuvo una breve participación en la Copa Sudamericana, tras seis años sin participar en torneos internacionales, en la cual llegó a la segunda fase siendo eliminado por el Peñarol de Uruguay. Como reemplazo de Insúa se contrató a Álex Aguinaga por lo que restaba de la etapa, pero, después de otras 10 fechas, decidió renunciar debido a las elecciones presidenciales del club. Tradicionalmente, los números de menor rango se reservan para los centrales, los números más altos como el siete, nueve y diez están dedicados a los mediocampistas ofensivos y los delanteros más preciados. En el fútbol contemporáneo aparecen otros números simbólicos, derivados de cambios en los esquemas de juego: el doble 5 por ejemplo, un tipo que puede estar a cargo de desarmar las jugadas del contrincante, pero que una vez conseguido el objetivo encabeza el ataque de su equipo. El primer registro de camisetas numeradas en el fútbol se remonta a 1911, siendo los equipos australianos Sydney Leichardt y HMS Powerful los primeros en usar números de escuadrón en la espalda.
Además, ¿cómo se estiran las camisetas deportivas? El siguiente partido del Barcelona SC sería frente a su rival de barrio el Emelec donde este partido sería clave para las aspiraciones del equipo y finalmente ya que los dos llegaban en buen momento, el resultado fue 0-1 favor de Barcelona con un gol marcado por Narciso Mina. El sábado 3 de octubre del 2009 Barcelona juega su partido más importante de su historia, futboloo el de conservar la categoría de privilegio ya que con un empate Barcelona estaba condenado. Para la 4.ª fecha tiene que jugar de local contra Deportivo Quito, el cuadro canario termina ganando el partido y adjudicándose así el primer lugar del campeonato. Barcelona terminó el campeonato nacional en tercer lugar de la tabla acumulada (suma de puntos de la primera y segunda etapa) con lo cual disputó el cupo de repechaje a la Copa Libertadores 2011 frente al Deportivo Quito perdiendo la opción de clasificar por la regla del gol de visitante tras ganar en el Monumental por 3-1. Entre lo relevante de este año para el Barcelona, está la decisión tomada por la dirigencia y el cuerpo técnico de trasladar la sede de entrenamientos de la tradicional sede en Guayaquil a la ciudad de Quito, ya que la mayoría de equipos pertenecen a la serranía ecuatoriana, quedando solo tres representantes del litoral.
Finalmente Costas debuta en Guayaquil en el banquillo del Barcelona pero esta vez se encontró con un equipo sumamente golpeado tras la derrota frente a Deportivo Quito, finalmente en su debut terminó 1-1 contra el Emelec. 1-2 a favor de los puros criollos, pero pese a la derrota Barcelona se mantenía como puntero. Esta temporada 2012 corresponde al segundo año de mandato de Antonio Noboa como presidente de la institución para el período 2011-15. El entrenador argentino Luis Zubeldía fue ratificado como director técnico del plantel de fútbol. La reacción de la hinchada y de varios sectores de la prensa presionó para que exista un acercamiento entre la directiva del Barcelona y Zubeldía para gestionar un eventual retorno del entrenador argentino, sin embargo, éste se negó. Entre las opciones para el reemplazo oficial de la dirigencia técnica constaba Omar Asad, el cual la prensa daba por contratado extraoficialmente, sin embargo, el 11 de abril se confirmó la contratación de Gustavo Costas, quién llegó a Guayaquil al día siguiente, pero dirigió el partido de la fecha 11, lo que quedó de labor para los técnicos interinos donde el equipo fue goleado 3-0 a favor del Deportivo Quito.